Materiál: Ako už názov napovedá, sklenený skleník je vyrobený zo sklenených panelov, zatiaľ čo fóliový skleník je vyrobený z plastovej fólie.
Izolácia: Sklenené skleníky sú viac izolované ako fóliovníky. Sklenené panely sú hrubšie a poskytujú lepšiu izoláciu proti chladu, vetru a dažďu. Plastová fólia používaná vo fóliových skleníkoch je tenšia a menej izoluje, takže v chladnom počasí môže vyžadovať viac ohrevu.
Cena: Filmové skleníky sú lacnejšie ako sklenené skleníky. Sklo je drahšie ako plastová fólia a inštalácia sklenených panelov vyžaduje viac práce, takže sklenené skleníky sú vo všeobecnosti drahšie.
Svetelná priepustnosť: Sklo prepúšťa viac svetla do skleníka ako plastová fólia. To môže byť výhodou v oblastiach s nízkym slnečným žiarením alebo v zime, keď je slnečné žiarenie obmedzené.
Trvanlivosť: Sklenené skleníky sú odolnejšie ako fóliovníky. Je menej pravdepodobné, že sa sklenené panely poškodia krupobitím, silným vetrom alebo inými faktormi prostredia. Plastová fólia sa môže roztrhnúť alebo prepichnúť, čo môže viesť k poškodeniu konštrukcie skleníka alebo rastlín.
Údržba: Sklenené skleníky vyžadujú väčšiu údržbu ako fóliové skleníky. Sklenené panely by sa mali pravidelne čistiť, aby sa zabezpečila maximálna priepustnosť svetla a časom sa môžu zakaliť, čím sa zníži ich účinnosť. Plastová fólia sa ľahšie čistí a udržiava.